Кредитор сам не подал заявление в реестр, и долг оказался меньше 500 тысяч — на списание остального это не влияет

То, что один из кредиторов не подал заявление о включении задолженности в реестр, из-за чего общий долг должника оказался меньше 500 тыс. рублей, само по себе не основание не применять правила об освобождении от долгов — обращение в реестр это право кредитора, а не его обязанность.