Просто сослаться на возможность применить малозначительность мало — нужно её ещё доказать по правилам АПК РФ

Одно лишь указание на возможность применить малозначительность по ст. 2.9 КоАП РФ без достаточного обоснования не соответствует ч. 1 ст. 65 АПК РФ и не доказывает наличие оснований для этого по конкретному нарушению.